PHP包含路径没有使用PHP.ini中指定的路径

我有一个php脚本，其中包含一些文件，但在php.ini文件中指定的包含路径中找不到它们。

我使用以下命令运行apache：

php -S localhost:<portnumber> -c php.ini

在php.ini文件中，我指定路径

include_path=".:/usr/local/php/lib:<another path>:<another path>"

然后当我运行php脚本时，我得到一个错误

Fatal error: require(): Failed opening required 'ExceptionHandler.php'
(include_path='.:<some path different from ini>')    

服务器配置使用的路径似乎与我指定的路径不同。如何获得正确的包含路径？