如何从git merge(永远)中排除一个特定的提交

我正在开发一些web应用程序(php, codeigniter)。今天是时候把它推送到github了，但是我遇到了一个我无法管理的问题。

我有两个分支:

• master -这个分支应该用于github推送，不包含凭证或任何其他敏感数据(只是公共代码)
• dev -这是master的子节点，用于开发，包含凭据(我的私有应用实例)

这里的凭据是指:数据库登录名、密码、主机、用户;Oauth服务id/secrets;encryption_key。凭证存储在/application/config文件夹下的两个独立文件中。

我的想法是，我将在dev上做所有的更改，然后将dev合并到master，并将master内容拉到github(但master不能包含我的私人凭据)。

这是我现在所做的:

1. 删除了/application/config/config.php和/applications/config/database.php中的所有凭据(因为我不想让它们在github上公开)，它们变成了空字符串，比如:$db['default']['hostname'] = ";
2. 启动git存储库并进行初始提交-创建的默认分支名为'master'
3. 将母版拉入github

它很酷，直到现在-我有我的项目代码在github没有凭据。接下来，我需要在我的项目中做一些更改，所以我:

1. 创建新分支dev
2. 将我的凭据存储到dev中，并进行提交-我需要dev实例具有凭据，因为我每次在代码中更改某些内容时都会将其上传到ftp服务器(我不使用本地LAMP或类似于此项目中的任何东西)

所以现在我需要在dev中做一些改变，上传它并拉到github，所以我:

1. 在开发中进行更改(比如添加新功能)
2. Checkout to master
3. 将dev合并为master。

我期望发生的事情:Git会问我应该在master中使用哪个版本的配置，因为在两个分支中都是不同的。我将使用diff选择文件的"主"版本(不包含凭据)。Git会记住我的选择，以后当我将dev合并到master时，我就不必再做选择了。Git在我的另一个项目上是这样工作的，dev是一个主分支，实例是它的子分支(在这种情况下dev是一个子分支，我把子分支合并到父分支中)。

事件:Git只是把凭证从dev复制到master，没有问我这个问题。所以现在我的主分支被凭证"污染"了，我不能再把它推送到github了。

我的问题是

1. 为什么会发生这种情况，我如何避免这种情况?
2. 有没有其他(更好的)方法来处理这种问题。

如果有什么不清楚的地方请告诉我，我将不胜感激。