我必须使用PHP为用python编写的软件设计一个接口。目前，该软件是从命令行通过传递输入来使用的，大多数输入都是文本文件。有一系列的步骤，每一步都会调用一个python脚本。每个步骤都将一个文本文件作为输入，并在用户决定的文件夹中生成一个输出文本文件。我使用php的system()，但我看不到输出，但当我从命令行使用相同的命令时，它会生成输出。命令示例：python /software/qiime-1.4.0-release/bin/check_id_map.py -m /home/qiime/sample/Fasting_Map.txt -o /home/qiime/sample/mapping_output -v
尝试这个
$script = 'software/qiime-1.4.0-release/bin/check_id_map.py -m /home/qiime/sample/Fasting_Map.txt -o /home/qiime/sample/mapping_output -v';
$a = exec($script);
如果您不在windows上，您是否尝试在命令末尾添加2>&1（将stderr重定向到stdout）？
$output = system("python /software/qiime-1.4.0-release/bin/check_id_map.py -m /home/qiime/sample/Fasting_Map.txt -o /home/qiime/sample/mapping_output -v 2>&1", $exitcode);
从中找到http://www.php.net/manual/en/function.system.php#108713
医生还说它是
成功时返回命令输出的最后一行，失败时返回FALSE失败
因此，如果你试图获得多行，你可能需要将其重定向到一个文件并在中读取。
不要使用system()，而是尝试用"ticks"包围代码。。。
它具有类似的功能，但返回输出的方式略有不同。。